Durante el imperio incaico, el Collasuyo hoy Estado Plurinacional de Bolivia, se extendía hasta las costas del Océano Pacífico incluido el desierto de Atacama; más antes Tiahuanaco abarcó también estos confines. 
 Durante la colonia, la Real Audiencia de Charcas que ejerció jurisdicción en todo el territorio actual de Bolivia, comprendía todo el desierto de Atacama habiéndose utilizado el puerto de Santa María Magdalena de Cobija, fundado en 1587, como centro de control de aduanas para la exportación de la plata del Cerro Rico de Potosí.  
La Audiencia de Charcas fue uno de los más vastos territorios coloniales de España, aún mayor al de Lima, abarcaba 26 corregimientos; en su mayor expansión comprendió antes de crearse el Virreinato de Buenos Aires, el sur del Perú, por el levante y poniente con los dos mares del Norte y del Sur y las provincias del Río de la Plata, Paraguay y Tucumán, Chuquisaca, Potosí con Atacama incluido, Cochabamba, Tarija, Moxos y Santa Cruz.  
Después de la creación del Virreinato de Buenos Aires en 1776, se establecieron las gobernaciones-intendencias. Las jurisdicciones de esta primera estructura organizativa eran las gobernaciones-intendencias de Buenos Aires, Paraguay, Tucumán (debía abarcar el obispado de Córdoba), Cuyo, Santa Cruz de la Sierra, La Paz (incluidas las provincias de Lampa, Carabaya y Azángaro del actual Perú), Charcas y Potosí (que comprendía la provincia de Porco y los territorios de Chayanta, Atacama, Lipez, Chichas y Tarija). 
 Específicamente la Gobernación- Intendencia de Potosí, componía los siguientes partidos:

- Partido de Chayanta o Charcas (Pueblo de Chayanta)
 - Partido de Atacama (Pueblo de San Pedro de Atacama) 
- Partido de Chichas (Pueblo de Tupiza) 
- Partido de Porco (Pueblo de Puna)
 - Partido de Lípez (Pueblo de San Cristobal) 
- Partido de Tarija (Villa de San Bernardo de Tarija) 

 Al mismo tiempo y con objeto de emancipar a la Iglesia americana de la tutela del arzobispado de Sevilla, del que dependían las primeras diócesis de Indias, se funda en el año l605 uno de los cinco arzobispados de la América hispana, el Arzobispado de Charcas que tenía una jurisdicción muy dilatada, también sobre los curatos de Oruro y Atacama además de la célebre Universidad Real y Pontificia de San Francisco Xavier, la segunda de América del Sur, fundada el 31 de enero de 1676, que subsiste ininterrumpidamente hasta el presente.  
Bibliografía: Los Derechos de Bolivia sobre Atacama, por Ricardo A. R. Hermelo, Argentina, publicado en Internet. 2011 Capítulos de la Historia de Chile, Ranquil. 1973 Refutación al Ministro de Relaciones Exteriores. Zoilo Flores y Serapio Reyes Ortiz. Imprenta El Nacional. Lima 1879. Refutación, José María Santiváñez. Imprenta del Siglo. Cochabamba 1879. 
(por Rodolfo Becerra de la Roca)
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